MTQ tingkat Kota Yogyakarta tahun 2021 kali ini diikuti 489 peserta, dimana Kemantren Gondomanan menjadi penyumbang peserta terbanyak dengan 48 peserta. Pada pelaksanaan MTQ tahun ini dibagi menjadi 8 cabang musabaqoh.

Pelaksanaan MTQ ditahun 2021 ini akan dilaksanakan pada tanggal 27 November 2021, dimana pelaksanaannya dibagi di dua tempat yang berbeda. Yaitu di SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta dan Kantor Wilayah Kementerian Agama Daerah Istimewa Yogyakarta.