Berdasarkan Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah diundangkan pada tanggal 11 November 2020 dan mencabut Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2019 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Kota Yogyakarta. Bersama dengan diundangkannya peraturan tersebut, bagian-bagian yang ada pada Sekretariat Daerah dirombak serta lahirlah Bagian Kesejahteraan Rakyat. Pada tahun-tahun sebelumnya, sebelum diundangkannya Peraturan Walikota tersebut, Bagian Kesejahteraan Rakyat masih menjadi satu dengan Bagian Tata Pemerintahan dengan nama Bagian Tata Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat.

Berdasarkan Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah , Bagian Kesejahteraan Rakyat terdiri dari 3 Sub Bagian yaitu :

  1. Subbagian Bina Mental;
  2. Subbagian Kesejahteraan Sosial; dan
  3. Subbagian Pemberdayaan dan Kesejahteraan Masyarakat.

Seiring dengan berjalannya waktu, pada tanggal 30 November 2021 Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah dinyatakan dicabut dan tidak berlaku. Peraturan Walikota tersebut digantikan dengan Peraturan Walikota Nomor 92 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah. Bersamaan dengan itu sub bagian dari Bagian Kesejahteraan Rakyat juga berubah mengikuti peraturan tersebut dan peraturan terbaru mengenai Eselon IV, sehingga Bagian Kesejahteraan Rakyat terdiri dari :

  1. Kelompok Substansi Bina Mental;
  2. Kelompok Substansi Kesejahteraan Sosial; dan
  3. Kelompok Substansi Pemberdayaan dan Kesejahteraan Masyarakat.